就在这个过程当中，北京的知识界策动了公车上书，公车上书主要针对的就是《马关条约》的几条条款：朝鲜问题不必说，赔款问题也没什么，打败了赔款，这是近代战争天经地义的事；最不可接受的，是台湾的割让。
这是引起当时公车上书的一个最重要的理由。在北京的台湾学子上书，声泪俱下，好好的怎么把我们的故乡整没了，我们不甘心被称为日本的皇民。非台湾的举子也在讲，我们和台湾都是同胞，如果把台湾丢掉了，那可能会给中国未来的发展留下很大的隐患。在这样一种状况下，他们一而再再而三地上书，希望能够拒绝《马关条约》，再战。这个思路体现在康有为起草的上清帝书当中，当时在上面签字的大概有1300人。
这份上书在康有为的整个上清帝书当中，按照完整的序列去排的话，应该叫上清帝第二书，主要针对的就是《马关条约》中的割让台湾这一条款。康有为认为台湾割让，天下离心，市民涣散，中国危急。他建议皇上调整政策，首先要拒绝，不要在这个条件上签字，拒绝日本的和平方案。我们今天从事后来思考他的这一建议，基本上是做不到的。他要做到这一条，就顺势提出了改革的诉求。